Nikdy nebyl v KSČ a po roce 1971 se o jeho tvorbě nesmělo oficiálně mluvit a psát. Přesto v 90. letech upadl v nemilost jako architekt komunistického režimu. Karel Prager byl jednou z nejvýraznějších osobností poválečné československé architektury a jeho stavby dodnes budí rozporuplné reakce.