הרב יהונתן אייבשיץ הסעיר את יהדות אשכנז. שילוב של תורה וחכמה, הלכה ומדע, רטוריקה ולהט, שמרנות עם חידוש. הרב אייבשיץ היה איש אשכולות, וכיהן כרב, דרשן, מקובל, פוסק הלכה ועוד. בשבתו בפראג ניהל קשרים ענפים גם עם אנשי האקדמיה והכמורה. הפולמוס בשאלה האם נטה לשבתאות פיצל את יהדות אשכנז ומזרח אירופה, ולמעשה נתון במחלוקת עד היום (ונלמד גם את הפולמוס זוטא שקדם לו, בדבר "תרנגולת שנמצאה בלא לב").
נעיין גם מעט בַעיקר – בתורתו העיונית, בעיקר ב"כרתי ופלטי", ובדרשותיו, בעיקר ב"יערות דבש". ונקנח בכמה סיפורים על חידודיו מספרו של דרויאנוב