1871年10月，一艘琉球國的船，在回航時遭遇颱風，漂流到台灣東南部八瑤灣，船上有六十九名乘客，溺死三人，六十六人登陸。他們沿著海岸走，到了高士佛社，當地人還煮了完整的大塊地瓜，算是以高規格接待。次日，高士佛社的人拿著刀，比手勢說要出去打獵，晚上請他們吃山豬肉。卻不料琉球人害怕了，以為要殺害他們。就趁著他們外出時逃走。跑到牡丹社那邊，一個叫楊友旺的漢人家裡。
不料，高士佛社的人回來後，看到琉球人走了，就非常生氣，追到楊友旺的家。因為他家太小，只躲得下十二個人，其餘在屋外的五十四人都慘遭殺害。不久，牡丹社的人聽說了此事，竟來到楊友旺的家，把死者的人頭給砍了。倖存的十二人逃過一劫，在當地楊友旺的幫助下前往台灣府（當時在台南），由清政府安排歸國。（以上說法，是根據後來高士佛社的耆老的口述歷史所改寫）但後來日本人搞錯了，以為人是牡丹社殺的，於是被稱為「牡丹社事件」。
 此事本與李仙得無關，但因為英國領事在處理一宗船難事件中，與卓杞篤交涉，多次提起李仙得，於是讓他興起三訪卓杞篤的念頭。1872年3月，他搭上美艦，前往台灣；此次他帶了更多禮物，準備分送給各部落。順利的見面之後，他打聽了牡丹社事件。他知道卓杞篤來不及阻止，就發生了殺人的罪行。但他的台灣通譯說起此事時說，主要責任在清朝，因為如果他們遵守承諾，在地方派駐充份授權與武力的官員，牡丹社的人就算沒時間將日本船難者送到台灣府（時在台南），也可以輕易的交涉贖人的事。更何況，平時都未就土人保護船難者及其滯留期間的費用，訂定賞金與補償辦法，就算是與卓杞篤訂定協議，牡丹社或龜仔甪社的人也不會做。
李仙得本希望把與卓杞篤的協議從白人推及日本人，但顯然並未成功。李仙得因此與美國駐北京公使鏤斐迪失和。而國會就他調任駐阿根廷布宜諾思艾利斯公使的表決一直未通過。他一氣之下就決定離開廈門，返回美國。在返美途中，經過日本，美國駐日公使告訴他，日本已經把琉球併吞了，日本政府正在為琉球遭牡丹社殺害的人民尋求賠償，並且介紹他與日本外務卿副島種臣認識。李仙得於是呈交了一份報告，將他原本交結美國國會的報告，乃至於於其中幾幅台灣南部地圖，以及恆春半島詳略，都一起交給日本。
值得注意的是，他在《南台灣踏查手記》中寫道：「他們說服我留在日本，以便提供意見，讓日本能以最好的辦法，在台灣東部和南邊海岸建立殖民地。」
 
1874年5月8日，日軍在社寮（今屏東縣車城鄉社寮村）登陸。剛開始幾天，遭到當地原住民的強烈抵抗，激烈交戰。日軍陸戰隊不諳地形，雖然武器先進，火力強大，但原住民慓悍善戰，運用地形，神出鬼沒，打得日軍頗為狼狽。後來是有一組陸戰隊員攀上峭壁，居高臨下，用機關槍掃射，火力太強，原住民難以躲藏，情勢才逆轉。牡丹社頭目阿祿古父子在戰鬥中身亡。
日軍兵分三路掃蕩牡丹社、高士佛社、女仍社等，佔領後即焚燒村屋，進行掃蕩。但部隊仍不敢久留，迅速撤回營地。
日軍未曾料到的是，台灣南部的氣候到了五月已經很炎熱，隨著六、七月夏天的來臨，死者增加，熱病開始盛行，痢疾、瘧疾對北方的日本人來說，變成難以承受的災難。……
 
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Snowflakes by Agnese Valmaggia
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